Bedforms in Matlab - everything you wanted to know about ripple marks and cross beds

David Rubin's bedform-generating code has been implemented in Matlab (in fact, it has been out there for a while). It is a great learning, teaching, and research tool that can be downloaded as part of an USGS open file report. Strongly recommended to anyone having some interest in sedimentary structures, bedforms, and cool Matlab graphics.

That reminds me of something else: it would be nice to have a Matlab version running on Intel Macs. I hope Mathworks will keep its promises and have something ready by early 2007. Having to reboot the iMac in Windows XP is an acceptable solution, but I could live without it [although even Windows XP looks OK on this kind of hardware :) ].

New books, websites, and videos on disbelief

It is good to see that two books that talk about disbelief and attack religion are among the top sellers on amazon.com. One of them is "Letter to a Christian Nation" by Sam Harris; he is a PhD student in neuroscience at Stanford whose first book (The end of faith) was also about - and against - religion. I have read that one and enjoyed it.

The second book, "The God Delusion", was written by Richard Dawkins, who would probably be the head of the Church of Atheists and Agnostics if there was such a thing and if atheism was religion. [Needless to say, it is not]. I have ordered it and looking forward to read it. If it is 'preaching to the converted', fine with me. After all, there are very few intellectuals out there who have the courage to 'preach' to those inclined to think that there are no gods, no santas, no angels, and no teapots in orbit around Jupiter. Dawkins also has a new website and foundation set up: http://www.richarddawkins.net/.

Also, it is worth checking out Google Video for films on atheism. The two-part series called "The root of all evil?" by Dawkins is there. I also found Jonathan Miller's "Atheism - A Rough History of Disbelief". It is a very enjoyable documentary. You can find all three episodes at Google Video if you do a search.

Georeferencing photos on a Mac

Not long ago I managed to georeference some of my photos using GPS measurements. Before I forget how I did this, here are some notes on the process. The key piece of software is GPSPhotoLinker, written by Jeffrey Early. After downloading and installing this nice little program, the next step is to get the GPS tracks from the GPS unit. For some reason, GPSPhotoLinker did not do this for me; so I downloaded GPSBabel, connected my Garmin Vista Cx to the iMac, and saved the tracks in GPX format. [GPSBabel is the same utility that is used inside GPSPhotoLinker]. I tried to open the GPX file in GPSPhotoLinker, but it did not work. The problem was that some of the tracks on the GPS unit were actually saved -- and saving tracks on a Garmin GPS unit (and maybe on other units as well, I don't know) results in losing the time stamp from each datapoint. GPSPhotoLinker apparently is not able to just ignore this part of the GPX file; the only solution was that I manually deleted all the saved tracks from the GPX file. After that, everything went pretty smoothly. GPSPhotoLinker finds the GPS points that are the closest in time to the time stamp of the photograph and writes the latitude and longitude into the EXIF header of the jpeg file. You can choose between 'snapping' photo locations to the nearest GPS datapoint or to interpolate between two points to find the best estimate for the place where the photo was taken. It is important, of course, to record a fairly large number of GPS points when you are taking the pictures.

Once I had the photos tagged with the geographic coordinates, I had two options to display them in the context of a map: either relying on Smugmug, the photo-hosting web service that I use, or on a cool iPhoto plugin called iPhotoToGoogleEarth. With Smugmug, both Google Maps and Google Earth can be used to look at the photos; the drawback is that the displayed pictures are small and you have to go go back to the Smugmug page to see the photos in a reasonable size. The iPhoto plugin generates a kmz file that can be opened with Google Earth and includes all the photos in a reasonable size, that, of course, can be adjusted by the user). The advantage is that you do not have to leave Google Earth in order to look at the photos.

Here is my first try at doing the gereferencing, as shown by Smugmug in Google Maps. It is not a bad idea after all to have a GPS unit handy when you are traveling and taking photos.

PS. In addition to the saved tracks, the other thing that GPSPhotoLinker does not like in the GPX file is the part of the header that refers to the geographic bounds of the file, e.g., "bounds minlat="-51.725563835" minlon ="-98.491744157" maxlat="43.777740654" maxlon="131.500083692"". You have to delete that in order for GPSPhotoLinker to read the file.

PS 2. There is always more to learn. I thought that the ideal workflow for georeferencing photos would be to (1) do the tagging in GPSPhotoLinker, (2) import the photos to iPhoto, (3) export the ones I want to post on the web, and (4) put them on Smugmug. It turns out this does not work well; all the photos I took in California (and were correctly labeled by GPSPhotolinker) ended up in Kamchatka. The point is that the georeferencing must be done (or redone) after the photos are exported from iPhoto.

Ernst Haeckel-ről, kevésbé elfogultan

Azaz kevésbé elfogultan, mint ahogyan Kardos Gábor posztmodern környezetbarát és borkereskedő elmélkedik róla.

K.G. szerint

"[...] tény, hogy éppen a darwinizmus legismertebb népszerűsítője, Ernst Haeckel fogalmazta meg az első "tudományos" fajelméletet, a rasszok első rangsorolását (a majmokhoz szerinte közelebb álló feketéktől a legfejlettebbnek vélt indogermán fehérekig), mégpedig szigorúan darwiniánus alapon, már 1868-ban, mindössze kilenc évvel a Fajok eredete megjelenése után.

A világ olyannyira Haeckel számos nyelvre lefordított népszerűsítő munkáin keresztül ismerte meg a darwinizmust, hogy a mai napig gyakran az ő téziseit nevezik darwinizmusnak. Összesen 90 tudós társaság és akadémia tagja volt, sőt: a tankönyvekben, enciklopédiákban máig nagy biológusként emlegetik, szemérmesen elhallgatva primér rasszizmusát és a fajelmélet megfogalmazásában játszott úttörő szerepét."

Nos, kezdjük azzal, hogy Ernst Haeckel nem nevezhető a darwinizmus legismertebb népszerűsítőjének. Borkereskedő barátunk (hadd utánozzam az ő szarkasztikus és személyeskedő stílusát) elhallgatja, illetve - rosszabbik esetben - nem tudja, hogy ez a kijelentés legfeljebb akkor lenne igaz, ha a teljes általánosítás helyett némi idő- és térbeli határokat is szabna Ernst Haeckel népszerűségének és befolyásának. Haeckel ugyanis elsősorban német nyelvterületen volt befolyásos és népszerű, és, mondanom sem kell(ene), a mai németországi egyetemeken és laborokban nem Haeckel munkássága képezi a domináns kutatási témák alapjait. Angol nyelvterületen például Darwin saját írásainak és Thomas Huxley szövegeinek jóval nagyobb volt a hatása; manapság pedig, ha valaki az evolúcióról szeretne valamit tanulni, akkor általában nem Haeckel könyveit veszi le a polcról, hanem Richard Dawkins köteteit, Stephen Jay Gould esszéit, vagy például Jonathan Weiner kiváló könyvét Darwin Galapagos-i pintyeiről. Nem is beszélve, hogy aki manapság a Haeckel téziseit nevezi darwinizmusnak, az egyszerüen nincs napirenden a dolgokkal és ideje lenne felfrissítenie tudását.

Ettől függetlenül persze Ernst Haeckel-t nem hiába tekintik az enciklopédiák egy kiemelkedő és nagy befolyású biológusnak. Nagy embereknek gyakran a melléfogásaik is nagyok; Haeckel vaskos kötetekre rúgó, jórészt kiváló minőségű rendszertani munkássága mellett jónéhány olyan gondolatot vetett papírra, ami vagy pontatlan és durván általánosít és egyszerűsít, vagy pedig egyértelműen szociáldarwinista félrebeszélés. Az 1904-ben kiadott "Kunstformen der Natur" a mai napig a természettudományt és a művészetet legjobban ötvöző munkák közé tartozik. Érdemes megtekinteni egy néhány ilyen rajzot, még akkor is, ha gyakran a művészi szabadság felülkerekedik a tudományos pontosságon.

K.G. azt is elfelejti megemlíteni (vagy nem tudja), hogy Haeckel a mai tankönyvekben és evolúciós irodalomban elsősorban annak a hipotézisének köszönhetően van jelen, mely szerint az egyedfejlődés ismétli a törzsfejlődést, és nem a rasszizmusba hajló szociáldarwinista elmélkedései a népszerűek. Ez utóbbiak valóban népszerűek lettek egyes rossz emlékű német nacionalista körökben, de az nem jelenti azt, hogy Haeckel egész munkássága értéktelen lenne. Kardos Gábor logikája szerint azonban Haeckel félrelépései és azoknak népszerűsége a nácik körében nemcsak Haeckelt feketítik be mindörökre, hanem az egész evolucionista biológiát és neodarwinizmust is kompromittálják, ami persze nagybetűs nonszensz. A modern biológiának ugyanis körülbelül annyi köze van Haeckel szociáldarwinizmusához, mint az általános relativitáselméletnek Newton alkímista erőlködéseihez. Newton felfedezéseinek tudományos értékét senki sem kérdőjelezi meg azért, mert a mechanika és optika forradalmasítása mellett az egyik legnagyobb tudós mellékesen alkímiával is foglalkozott (ami, megsúgom a posztmoderneknek, egyáltalán nem tudomány).

Visszatérve Haeckelhez, azt is említsük meg, hogy az "egyedfejlődés ismétli a törzsfejlődést" valóban elég alaposan beívódott a tankönyvírók tudatába. Bár az embriológusok már kezdettől fogva tudták, hogy Haeckelnek az embriológiai fejlődés hasonlóságát illusztráló rajzait nem kell túl komolyan venni, a tankönyvírók nem mindig értenek a biológia összes alterületéhez, és nem mindig van idejük elsődleges forrásokat használni. (Ezt nem a mentségükre szólva írom). Hogy az itt-ott pontatlan, máshol világosan elferdítő rajzok bekerültek egy halom 19-ik századi tankönyvbe, az még hagyján. De hogy a mai tankönyvek között is szép számmal vannak olyanok, amelyek kritikátlanul leközlik Haeckel rég elavult embrió-rajzait, az valóban bosszantó. Akit részletesebben érdekel a téma, annak figyelmébe ajánlom Stephen Jay Gould izgalmas esszéjét (az "I have landed - the end of a beginning in natural history" c. kötetben; p. 305-320).

Haeckel munkássága érdekes tudomány- és eszmetörténeti tanulmányokra és elmélkedésekre ad alkalmat. Botorság lenne azonban a Haeckel csúsztatásaira és rasszizmus-szagú elmélkedéseire alapozva tudománytalannak tekinteni a mai biológiát és neodarwinizmust egyaránt. Kardos Gábor persze pontosan ezt teszi, és nincs is egyedül: bármennyire is szeretne különbözni tőlük, a kreacionista tábor képviselői is szívesen emlegetik Haeckelt evolúcióellenes szövegeikben (például Michael Behe itt). Tévedések, szépítések, sőt, tudatos hamisítások mindig is lesznek a tudományban (is) -- elvégre a tudósok is a Homo sapiens nevű fajhoz tartoznak. A darwini és a mai evolúcióelmélet lényegét azonban az sem érintené, ha kiderülne, hogy a fasizmus egy-az-egyben Haeckel eszméinek a gyakorlatba ültetése (persze nem az), vagy hogy az ontogenezis-filogenezis között semmiféle kapcsolat nem létezik (persze létezik).

A haeckel-i hagyatékból pedig miért ne figyelnénk arra, amire igazán érdemes.

Gödel, Einstein, Heisenberg

Kardos Gábor filozófus és borkereskedő újabb szövege a Transindex hasábjain (melyet az én ellenszövegemmel összefércelve tettek közzé) számos újabb példáját szolgáltatja az arrogáns, tájékozatlan, fehéret-feketére-festő posztmodern ömlengéseknek. Érdemes tehát szemelgetni az írásból és egy-két megjegyzést elejteni, mielőtt felháborodásunk és érdeklődésünk lankadni kezdene.

Kezdjük pl. ezzel:

"Heisenberg határozatlansági elve, Gödel tétele vagy a relativitáselméletben megjelenő szemlélet egyaránt a pozitivista objektivizmus csődjének felismerését és valamilyen szubjektivitás tagadhatatlan jelentőségének újra felfedezését jelenti, akár a mérési módszerek, akár a jelenséget leíró elméletek, akár az igazság és a valóság formalizálásának kiküszöbölhetetlen relativitásában nyilvánul meg."

Gödel tétele és a relativitáselmélet mint "valamilyen szubjektivitás tagadhatatlan jelentőségének újra felfedezése"? Ugyan, ugyan. Csak az írhat ilyent, akinek halvány fogalma sincs, hogy miről szól Gödel tétele és mit jelent a relativitáselmélet. Einstein és Gödel mindketten úgy vélték (Heisenberggel ellentétben, tegyük hozzá), hogy igenis létezik egy érzékszerveinktől független objektív valóság; és mindketten úgy gondolták, hogy felfedezéseik hozzájárultak ennek az objektív valóságnak a megismeréséhez. Az einsteini relativitás távolról sem azt jelenti, hogy "minden relatív" lenne, emberi nézőpontunk függvénye. Ahogy Rebecca Goldstein mondja "Incompleteness" című könyvében:

"Einstein értelmezése szerint a relativitáselmélet a téridő objektív jellegét bizonyítja, azt, hogy az mennyire különbözik a mi emberi, szubjektív látószögből alkotott képtől."

Gödel pedig egyértelműen a matematikai realizmus híve volt, azaz számára a matematika az emberektől független, objektív matematikai valóság feltárásának eszközének számított. Ismét Rebecca Goldstein-t idézem:

"A sors iróniája, hogy Gödel munkásságát, akárcsak Einstenét, sokan úgy értelmezték, mint az objektivitás elleni támadás legmeggyőzőbb hajtóerejét."

Summa summárum, ha valaki Einsteint és Gödelt próbálja segítségül hívni a relativizmus és a szubjektivizmus védelmében, az az egyik világos jele az autoritásokra való alaptalan és félrevezető hivatkozásnak és felületes szövegelésnek. A relativitáselmélet nem azt jelenti, hogy "minden relatív", és Gödel tétele nem azt állítja, hogy "semmi sem bizonyítható".

PS. Érdemes idézni a 'Gödel' címszót a Fashionable Dictinonary - ból:

Gödel --
A man with a theorem. Has something to do with axioms. Importantly, shows that everything is relative. To be invoked with quantum things.